由于各种原因，引证数据库通常存在多个版本，其中最常见的是SCI的“核心版”与“扩展版”，Ei的“核心版”、“非核心版”（光盘，Compendex Web，PageOne）等。现分别说明如下：
1.SCI的版本区别
《科学引文索引》(Science Citation Index)简称SCI，是美国科学情报研究所(Institute forScientific Information，简称ISI，网址:http://www.isinet.com)编辑出版的一部世界著名的大型多学科综合性检索工具。SCI创刊于1961年，起初为年刊，1966年改为季刊，1979年又改为双月刊。
SCI收录了世界上60个国家和地区的6000(据ISI网站2007年初报道为6598)多种重要科技期刊和正式出版的专著，会议论文，书评等。收录报道的内容涉及到数，理，化，农，林，医，地，生，工程技术和环境等自然科学的各个学科，其中以生命科学及医学，化学，物理所占比例最大。但SCI侧重于对基础学科的揭示和报道，对工程技术及应用科学方面的文献报道相对较少。
SCI从来源期刊数量来看可分为SCI 和SCI-E。SCI是指来源期刊为3800(据ISI网站2007年初报道为3737)种左右的SCI印刷版和SCI光盘版。SCI-E的全称是SCI-Expanded，又称SCI Search，是SCI的扩展库，有来源期刊6000余(据ISI网站2007年初报道为6598)种，可通过国际联机和基于ISI Web of Science 所建立的互联网版Science Citation Index Expanded进行检索。ISI通过它严格的选刊标准和评估程序挑选刊源，而且每年略有增减，从而做到SCI收录的文献能全面覆盖全世界最重要和最有影响力的研究成果。
ISI所谓最有影响力的研究成果，指的是报道这些成果的文献大量地被其它文献引用。为此，作为一部检索工具，SCI一反其它检索工具通过主题或分类途径检索文献的常规做法，而设置了独特的"引文索引"(Citation Index)。即通过先期的文献被当前文献的引用，来说明文献之间的相关性及先前文献对当前文献的影响力。
SCI以上做法上的特点，使得SCI不仅作为一部文献检索工具使用，而且成为科研评价的一种依据。科研机构被SCI收录的论文总量，反映整个机构的科研，尤其是基础研究的水平，个人的论文被SCI收录的数量及被引用次数，反映他的研究能力与学术水平。
SCI版本目前有:印刷版(Print)，光盘版(CD-ROM)，网络版(SCI-Expanded) 和Dialog国际联机版(SCISearch)等几种出版形式。
SCI印刷版为双月刊，每期分A，B，C，D，E五个分册。其中A，B，C三个分册为引文索引(CitationIndex)部分，报道来源索引中原始文献所附参考文献的情况，它以被引用论文著者及其被引用论文作为组织内容的依据，是SCI区别于其他文献检索刊物的主要地方。D分册为来源索引(Source Index)部分，报道所摘选期刊上原始文献及其著者，篇名，出处等信息，相当于其它文献检索刊物的著者索引。来源索引所附的团体著者索引(Corporate Index，分地区和机构部分)提供从著者单位名称查找文献的途径。E分册为轮排主题索引(Permuterm Subject Index)，它将原始文献篇名中的关键词抽出，按一定规则轮排而成，相当于其它文献检索刊物的主题索引。(目前国内订购单位极少)SCI印刷版目前收录期刊为3737(据ISI网站2007年初报道)种。印刷版中收录的论文没有文摘著录项目，只报道相关的书目信息，实际上是一种题录型检索工具。
SCI 光盘版分为带摘要和不带摘要两种版本。其中带摘要的为月更新，每年一张光盘。不带摘要的为季度更新，其覆盖范围与SCI光盘带摘要版完全相同，只是未提供论文的摘要。SCI 光盘版收录期刊与印刷版相同，但光盘版不仅包括了印刷版中的全部索引，而且带摘要的SCI 光盘版来源索引(Source Index)的每条文献著录项目中增加的"文摘"(Abstract)，使SCI由印刷版的题录型检索工具变成更受欢迎的文摘型检索工具。光盘版不仅能检索到被当前文献引用的参考文献篇数(No。Cited Reference)，还可了解到与当前文献共同引用了至少一篇引文的相关文献数(No。Related Records) SCI光盘版同时提供单机版和LAN局域网版本。 (目前国内订购单位极少)网络版(SCI-Expanded) 1997年，ISI推出了其最新的数据库产品--Web of Science，其中ScienceCitation Index Expanded即SCI网络版(SCI-Expanded)。SCI网络版为周更新，数据库可以追溯到1945年，收录学术期刊6598(据ISI网站2007年初报道)种，比SCI光盘版多收录近3000种期刊。
联机版(Online Version)的SCI Search，可在美国Dialog信息服务系统中进行联机检索。联机版的SCISearch，为每周更新，数据库可以追溯到1974年。收录期刊数量与网络版(SCI-Expanded)相同。(目前可以通过DialogSelect OpenAccess免费检索到文章题名)。
2.Ei的版本区别
Compendex 数据：数据的内容全面，主要包括：论文标题（Title）；作者（Authors）；第一作者单位（First author affiliation）；英文文摘（Abstract）；论文所在期刊名称（Serial title）；卷（Volume）期（Issue）；论文页码（Pages）；分类码（Ei classification codes）；主题词（Ei mainheading）；受控词（Ei controlled terms）；自由词（Uncontrolled terms）等等。其中：分类码（Ei classification codes）；主题词（Ei main heading）；受控词（Ei controlled terms）；自由词（Uncontrolled terms）需要专业人员单独给出。
Page One 数据：数据内容主要包括：论文标题（Title）；作者（Authors）；论文所在期刊名称（Serial title）；卷（Volume）期（Issue）；论文页码（Pages）；部分数据带有英文文摘和第一作者单位（First author affiliation）。不需要任何专业人员再做工作。
Compendex 数据和Page One 数据的主要区别在于：数据中是否有分类码（Ei classification codes）和主题词（Ei main heading）；有这两项内容的数据是Compendex 数据，反之是 Page One 数据。
